Mise en place d'un outil de valorisation des données du laboratoire d'hydrobiologie H/F

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Type d'offre : Stage (6 mois)
Localisation : Haute-Normandie
Société : Office Français de la Biodiversité (OFB)
Date limite de candidature : 17/12/2025 (publiée le 17/11/2025)

Présentation de l'offre

Mission

En tant qu'opérateur de la production de données sur l'état des ressources en eau et des milieux aquatiques, notamment dans le cadre de la mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), l'OFB intervient en métropole dans le champ de l’hydrobiologie. Il met en œuvre annuellement les protocoles alimentant la production de bioindicateurs sur les compartiments poissons, macro-invertébrés, diatomées et macrophytes. Des prestataires, pour lesquels l’OFB valide les livrables techniques, y concourent également. Les données ainsi produites contribuent à réaliser l’évaluation de l’état des masses d’eau tous les 6 ans par les bassins (Seine Normandie et Loire Bretagne pour la région Normandie). 

Dans le cadre de la DCE, des réseaux ont été initiés depuis la seconde moitié des années 2000. Certaines stations, suivies historiquement à d’autres titres, bénéficient également de chroniques antérieures. Les fréquences de suivi dépendent des paramètres suivis et des réseaux.

Ce stage aura pour objectif principal le développement d’un outil de visualisation des données produites dans le cadre de la DCE pour faciliter leur utilisation dans les missions du laboratoire en respectant les principes de reproductibilité et d’ouverture du code.

Activités principales

• Réaliser une revue des besoins en visualisation de données hydrobiologiques du laboratoire de la DR Normandie, ainsi qu’un état des lieux des outils déjà existants dans les différents laboratoires OFB à l’échelle nationale,
• Rassembler et appréhender les données et informations utiles disponibles au sein de l’OFB, des Agences de l’Eau et du portail EauFrance pour leur utilisation dans le futur outil,
• Proposer un plan de développement de l’outil de visualisation des données et le développer en lien avec les techniciens hydrobiologistes et la cheffe du laboratoire,
• Rédiger une notice d’utilisation et de mise à jour des données.

Ce travail s’effectuera sous la direction du Service régional connaissance ; l’encadrement sera assuré par la cheffe du laboratoire d’hydrobiologie.

Début de stage envisagé : 01/02/2026 (flexible)

Information générale

Positionnement hiérarchique : Sous l’autorité de la cheffe de laboratoire.

Conditions d’emploi : Stage de 6 mois à pourvoir pour l’obtention Master 2 (niveau de diplôme visé).

Profil recherché

Connaissances :

• Connaissance avancées du langage R,
• Des connaissances en analyses de données utilisées en écologie seraient un plus.

Savoir-faire opérationnel :

• Avoir une bonne maitrise du logiciel R (Shiny, Rmarkdown, ggplot2…),
• Avoir une bonne connaissance du SIG et des outils de traitement de données géoréférencées (QGis),
• Avoir une bonne qualité rédactionnelle.

Savoir-être professionnel :

• Curiosité,
• Force de proposition et esprit d'initiative,
• Autonomie et sens de l'organisation,
• Rigueur et méthode,
• Bon sens de la communication.

Diplômes – Formation – Expérience :

Master avec spécialité en lien avec le stage : (bio-) informatique ; sciences des données ; géomatique spécialisée en système d’informatique géographique, écologie avec un axe majeur sur le traitement de la donnée.

Des profils atypiques pourront également être considérés dès lors que des compétences en matière d’ingénierie de la donnée sont présentes.

Autres :

Permis B
Déplacements ponctuels

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