Ingénieur(e) chargé(e) d’étude Habitats Poissons Migrateurs Estuaires

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Type d'offre : CDD (3 mois)
Localisation : Aquitaine
Société : Inrae
Date limite de candidature : 23/08/2024 (publiée le 22/07/2024)

Présentation de l'offre

Vous serez accueilli-e au sein de l'équipe FREEMA (Fonctionnement et restauration des Ecosystèmes Estuariens et Poissons migrateurs Amphihalins) de l'unité EABX (Ecosystèmes aquatiques et changements globaux). La mission sera réalisée dans le cadre du pôle MIAME (OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA, gestion des poissons migrateurs amphihalins dans leur environnement).

L’utilisation des estuaires par les Poissons migrateurs Amphihalins (PMA) est méconnue, certaines espèces ne l’utiliseraient que comme corridor mais d’autres y séjourneraient plus ou moins longtemps et l’utiliseraient comme milieu de croissance (e.g. Potter et al. 2013). Une meilleure connaissance des abondances ainsi que des préférences d’habitat dans ce type de milieu d’interface permettrait in fine de raffiner les modèles de dynamiques des populations et d’amorcer la construction de modèles de distribution des espèces en intégrant les milieux estuariens. L’influence des facteurs environnementaux sur la sélection des habitats permettrait également de compléter les connaissances des préférenda des espèces et d’identifier les habitats à préserver en priorité. 

Pour les PMA, la majorité des connaissances ont été acquises en eau douce. Actuellement, en milieux marins plusieurs études (e.g. Charbonnel et al. 2023 ; Elliott et al. 2023) et projets (i.e. Interreg Espace Atlantique DiadES 2019-2023) visent à pallier aux manques de connaissances. Ce travail sur les milieux estuariens s’inscrit dans cette continuité. 

Dans un estuaire « modèle », ici la Gironde, il s’agit de répondre aux questions suivantes pour plusieurs espèces de PMA : quelles sont les abondances et leurs fluctuations saisonnières ? Existe-il des localisations préférentielles dans lesquelles les individus se concentrent ? Les facteurs environnementaux influencent-il la localisation des individus et si oui comment ? Comment transposer ces connaissances dans d’autres estuaires ?

Il s’agit donc de localiser les habitats préférentiels et d’identifier les drivers potentiels de leur sélection. Pour cela, les données de présence/absence, l’abondance des espèces et leurs variations saisonnières et interannuelles associées seront notamment prises en compte. Les modèles hydrodynamiques des estuaires permettent d’avoir accès à des données environnementales à des pas de temps relativement fins. Il s’agit d’utiliser ici ces modèles pour appréhender les facteurs environnementaux. Une attention particulière sera portée aux avantages et inconvénients de cette méthodologie. 

Les abondances et la structure en taille de 5 espèces sélectionnées pour l’estuaire de la Gironde ont été estimées grâce à des données de pêches scientifiques par chalutage. Il s’agit de Chelon ramada, Anguilla anguilla, Alosa fallax, Alosa alosa, Platichthys flesus. Leur répartition spatiale à l’échelle saisonnière a été identifiée grâce à une analyse de points chauds (hotspot analysis e.g. Bowser et al., 2023). Les données environnementales du modèle Mars 3D ont été extraites sur la période 2010-2018 à l’échelle saisonnière afin d’identifier si la répartition des individus peut être expliquée par les facteurs environnementaux comme cela a été étudié pour Acipenser sturio en Gironde (e.g. Lamour et al. 2024).

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Identifier et appliquer la méthode d'analyse de l'influence des facteurs environnementaux la plus appropriée (GLM (e.g. Cabral et al., 2007), GAM (e.g. Bacheler et al., 2009), BRT (e.g. Amorim et al., 2018),...). Le cas échéant, la saison et la taille seront pris en compte dans l'analyse ; 
• Réaliser la représentation cartoraphique des résultats pour la Gironde ;
• Si les facteurs environnementaux sont significatifs, explorer une méthode de transposition des résultats obtenus dans la Gironde à d'autres estuaires de la façade Atlantique ;
• Participer à la rédaction du rapport d'étude correspondant. 

Profil recherché

Formation recommandée : Doctorat ou master 2 en écologie aquatique ou en statistiques appliquées à l’écologie.

Connaissances souhaitées : Bonnes connaissances des outils statistiques et des méthodes d’analyse de l’utilisation des habitats, des migrateurs amphihalins et des milieux estuariens.

Expérience appréciée : Réalisation d’analyses d’utilisation d’habitats en milieux estuariens, expérience dans l’utilisation des sorties des modèles hydrodynamiques, manipulation des fichiers netCDF.

Aptitudes recherchées : Rigueur, maîtrise de R, SIG, qualités rédactionnelles

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