Etat des lieux et dynamiques des cyanobactéries benthiques en France métropolitaine

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Type d'offre : Stage (6 mois)
Localisation : Aquitaine
Société : Inrae
Date limite de candidature : 31/10/2024 (publiée le 16/10/2024)

Présentation de l'offre

Les cyanobactéries sont des micro-organismes photosynthétiques retrouvés dans les milieux aquatiques et capables de proliférer lorsque certaines conditions sont réunies, par exemple en cas de températures élevées de l’eau ou d’eutrophisation des milieux. Ces proliférations, qualifiées d’efflorescences algales ou de “bloom”, peuvent être néfastes pour la qualité des milieux aquatiques, en provoquant par exemple une hypoxie ou une anoxie de l’eau lors de la dégradation de la biomasse cyanobactérienne, ou via le relargage dans le milieu de cyanotoxines qui peuvent alors être à l’origine de risques sanitaires et écologiques.  Les cyanobactéries benthiques, retrouvées au fond des cours d’eau et des plans d’eau, peuvent former des biofilms ou des colonies importantes. Ces colonies peuvent se détacher du fond sous l’effet de certains paramètres (courant, charge en oxygène). Ces amas de cyanobactéries, appelées flocs, peuvent alors remonter à la surface de l’eau et se déposer sur les rives des milieux aquatiques. Or ces flocs peuvent être potentiellement concentrées en cyanotoxines, en fonction des genres présents et des conditions environnementales. Ces flocs peuvent alors être à l’origine de problèmes pour la faune sauvage et éventuellement pour les activités humaines, par exemple si ces flocs sont observés à proximité de zones d’activités nautiques.

Ce stage va s’intéresser à caractériser la richesse, la diversité et l’écologie des cyanobactéries benthiques dans les masses d’eau dulçaquicoles de France métropolitaine. Pour ce faire, une analyse des relevés floristiques disponibles via le suivi réglementaire des masses d’eau (via les indicateurs DCE : IBMR et IBML) permettra de caractériser la richesse taxonomique et d’établir un bilan de la présence dans le temps et l’espace des cyanobactéries benthiques dans les cours d’eau et plans d’eau de France métropolitaine. Le couplage de cette analyse avec les résultats de suivis physiques (hydrologiques et climatiques) et chimiques (trophiques) permettra de préciser l’écologie de ces cyanobactéries benthiques.

Vous serez accueilli-e au sein de l’unité EABX (Ecosystèmes Aquatiques et changements globaux). L'unité EABX est une unité de recherche en écologie aquatique qui mène des activités sur la caractérisation et la compréhension des réponses de la biodiversité aquatique continentale (cours d’eau, lacs et estuaires) aux changements globaux à différentes échelles biologiques, spatiales et temporelles. EABX est composée de deux équipes, ECOVEA (Ecologie des COmmunautés VEgétales Aquatiques et impact des pressions multiples) et FREEMA (Fonctionnement et à la restauration des Écosystèmes Estuariens et des populations de migrateurs Amphihalins). Dans le cadre de ce stage, vous serez accueilli-e au sein de l’équipe ECOVEA. Les recherches de l’équipe ECOVEA sont centrées sur la connaissance de la biodiversité et du fonctionnement des communautés végétales (macrophytes, phytoplancton, phytobenthos) d’eaux douces, ainsi que sur leurs réponses aux perturbations naturelles et anthropiques.

Vous serez plus particulièrement en charge :

• De réaliser une bibliographie sur les cyanobactéries benthiques retrouvées dans les eaux douces ;
• De mettre en forme, de concaténer et de vous approprier l’ensemble des données nécessaires à cette étude. Les données floristiques seront collectées à partir des bases de données nationales, que ce soit auprès des bases de données du Pôle ECLA (pour les plans d’eau) que de Naïades (pour les cours d’eau). De plus, des demandes interviendront auprès des Agences de l’Eau afin de compléter ces données floristiques, le cas échéant, par exemple pour des données récentes nonbancarisées au niveau national. Ces données floristiques seront complétées avec des données physico-chimiques qui seront collectées auprès de ces mêmes guichets ;
• D’analyser ces données. Différentes analyses statistiques et cartographiques sont envisageables dans le cadre de ce stage. La réalisation de ce stage va nécessiter l’utilisation du langage R pour la préparation et les analyses du jeu de données. Des outils tels que des analyses multivariées (par exemple, ACP, AFC, RDA) et des régressions linéaires seront notamment mobilisés pour ce travail. Ces analyses seront complétées par la réalisation de cartes permettant d’apprécier la distribution spatiale des cyanobactéries benthiques au niveau national. Une attention particulière sera portée aux taxons cyanotoxinogènes.

Profil recherché

Licence/Master (Bac+3/5)

Formation recommandée :

Master 2 en Ecologie

Connaissances souhaitées :

Ecologie aquatique, écologie des micro-organismes, bioindication, biostatistiques

Expérience appréciée :

Ecologie aquatique, analyse de données

Aptitudes recherchées :

Rédaction, recherches bibliographiques, maîtrise de R, connaissances de base en SIG

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